ארץ ישראל המוכרת לנו היום, על נופיה, עתיקותיה והיושבים בה היא תוצאה של אלפי שנות היסטוריה - ומעטים האירועים שהשפיעו באופן עמוק כל כך על הארץ ועל ההיסטוריה היהודית, כפי שהשפיע עליהן חורבן בית המקדש השני. ב'שורשים עמוקים - מסע אל ההיסטוריה בתקופת בית שני ולאחריה' נסקור את האירועים וההתרחשויות שהובילו לחורבנם של ירושלים ובית המקדש, והשינויים שהתחוללו בעקבותיה, בעזרתם של מיטב הארכיאולוגים והחוקרים של רשות הטבע והגנים, רשות העתיקות והמשרד למורשת.